La teoría del diseño inteligente es más antigua que la teoría de la evolución. Se trata de la teoría que afirma que el complejo diseño de los seres vivos, caracterizado por una intrincada organización, ordenada y funcional, no puede ser explicado por fenómenos naturales y por tanto requirió la sobrenatural acción directa de algún Ser inteligente. Aún cuando dicha teoría es anterior a la publicación de los escritos de Darwin, sólo tras estas publicaciones comenzó una larga disputa, que cumplió ya 150 años, y que se ha caracterizado por una pugna entre la hipótesis del diseño y la hipótesis de la selección natural. Lo que quiero defender es que (i) la larga duración de esta polémica no se debe a la ausencia de explicación científica del diseño de los seres vivos, sino a una común tendencia, por ambas partes,  al pensamiento simplista; (ii) esta polémica ha retroalimentado el pensamiento simplista a través de la radicalización de ambas posturas; (iii) la polémica se disuelve de manera relativamente inmediata al adoptar un pensamiento complejo, que caracterizaremos por la existencia, dentro de la ciencia, del pluralismo teórico y de conflictos de dominio relativo. Estos términos han sido desarrollados dentro de la filosofía de la biología pero aportan un fundamental pilar teórico para la filosofía del pensamiento complejo y las ciencias de la complejidad.